1964年毕业于北京大学数力系，1968年大连工学院研究生毕业，1980年10月获丹麦技术大学博士学位。1999及2000年分别荣获丹麦阿尔堡大学及比利时列日大学的名誉博士学位。
曾任国际理论和应用力学协会大会委员会委员，中国科学院主席团成员，中国力学学会副理事长，辽宁省科协副主席，大连市科协主席， 1998年、2003 年当选为九届、十届全国人大代表。曾任国家重大基础研究计划（973计划）三、四、五届顾问组顾问及制造与工程领域召集人。历任力学学报（中、英文版）、计算力学学报、大连理工大学学报主编及中国科学技术科学、应用数学与力学等杂志编委，国际杂志Structural and multidisciplinary optimization, Engineering Optimization, Computers & Structures, Probabilistic Mechanics编委或执行编委。
程耿东教授长期从事工程力学、计算力学和结构优化设计研究。20世纪70年代研究结构分析的群论方法并成功完成了水塔支架的标准设计，开发的汽轮机基础强振分析程序被很多设计院所采用。参与研制了多设计变量、多工况、多约束的结构优化程序DDDU。对实心弹性薄板的研究被称为近代布局优化的先驱。提出了结构灵敏度分析的半解析法，并提出提高精度的方法，为很多结构优化程序采用。在结构拓扑优化研究中指出奇异最优解可行域的正确形状，并提出求解奇异最优解的松弛算法，被认为在该问题的研究上具有里程碑意义的贡献。
程耿东教授著有论文200多篇、著作三部、译著二部。曾获国家自然科学二等奖二次（1992，2006），国家科技进步三等奖，国家教委科技进步一等奖和二等奖，光华科技基金二等奖，高等教育国家级教学成果一等奖，IET教育基金“大学董事长奖”，何梁何利基金“科技进步奖”等多项奖励。
